AKTA蛋白純化系統的程序設定操作在method editor窗口點擊工具欄內的method wizard，彈出窗口界面如Fig 11所示，可以分別在main selection、column以及column position三個下拉菜單中選擇所要用到的層析方法、所用到的層析柱的參數以及所安裝的層析柱在柱位選擇閥的位置，選好之后，點擊next按鈕進入下一步波長和溶液進口的設定（Fig 12），在此可以設定檢測的波長，針對AKTA EXPLORER可以一次選擇三個波長共同進行監控，并在此設定A泵和B泵的溶液進口，設定好之后，點擊next，出現如Fig 13所示窗口，可以在此設定對層析柱進行平衡的條件。
 
 
                                                      Fig 11                                                                                                Fig 12

                                                        Fig 13                                                                                    Fig 14
完成之后，點擊next出現Fig 14的窗口，在此可以設定上樣的條件，可選擇的條件包括上樣的方式，如上樣環上樣以及樣品泵上樣，對上樣的體積也要進行設定。如果利用系統泵上樣，在此無法進行設置，不過可以利用A泵和B泵的兩個進口在后面的步驟中進行設置。
在上步設置完成之后，點擊NEXT出現如Fig 15所示窗口，這里是針對流穿組分收集所進行一些設置，針對安裝的不同的收集器，具體內容可能有些差異，這里顯示的界面是在安裝了Frac-950收集器之后所出現的界面，設置完成點擊NEXT出現如Fig 16所示的窗口，設置目標組分收集的一些參數，點擊NEXT，出現如Fig 17所示的窗口，針對具體的洗脫條件可以進行設置。
當全部設置完成之后，點擊finish，彈出Fig 18所示的窗口，可以再一次對所進行的設置進行進一步的修改，完成之后點擊按鈕，完成程序存盤操作。至此完成洗脫程序的設定工作，在應用自動洗脫程序時，可在SYSTEM CONTROL窗口點擊文件菜單欄中的FILE→Run，在彈出的對話框中選擇目標洗脫程序所在的位置并執行，之后會依次彈出一些對話框，主要是再次確認程序的設置條件，并選擇洗脫結果文件的保存位置，全部設置完之后，洗脫將自動進行，結果將自動的保存在設定的文件夾中。

                                                  Fig 15                                                                                         Fig 16

                                                    Fig 17                                                                                          Fig 18

結果的瀏覽與簡單處理
在純化完成后，Unicorn軟件會自動的按照預先的設置保存結果文件，如果沒有指定，那么結果文件會保存于一個文件名以manual N開頭的文件中，N為系統依次生成的一個1-10之間的數字。
對于結果的瀏覽應在evaluation窗口（Fig 19）中進行，打開文件及對文件進行普通編輯的菜單如Fig 20所示。
 Fig 19 Evaluation窗口 
Fig 20 純化結果普通編輯菜單

這里已經選擇了一個純化文件，打開后，在結果瀏覽窗口點擊鼠標右鍵，選擇properties，可以彈出如Fig 21所示的操作菜單，可以分別對結果進行編輯，如改變曲線的顏色，設定橫軸或縱軸的顯示區間，進行文本文件的編輯等等。

                                                                                         Fig 21

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